一旦實(shí)驗(yàn)動物自身攜帶了一些病毒、細(xì)菌、真菌和寄生蟲，不僅可能導(dǎo)致實(shí)驗(yàn)失敗以及實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)失真，還可能造成大量科研資源的浪費(fèi)，延長了實(shí)驗(yàn)周期，實(shí)驗(yàn)動物質(zhì)量影響著實(shí)驗(yàn)的結(jié)果和數(shù)據(jù)的可信程度。因此，動物房需要定期對實(shí)驗(yàn)動物進(jìn)行病原微生物的檢測。

熒光定量PCR成為用于檢測病毒感染的常用的方法。熒光定量PCR檢測具有高靈敏度、高特異性、操作方便等特點(diǎn)。分子核酸檢測可以在疾病早期檢測到病毒感染，特異性高，也得到了廣泛的應(yīng)用和重視。

不同的病原微生物在體內(nèi)主要定植的部位不同，多種樣本類型都可以進(jìn)行同種病原微生物的檢測。對于大多數(shù)病原微生物的檢測來說，糞便\盲腸內(nèi)容物 和 氣管\口咽拭子是一個(gè)比較好的選擇，一是取樣方便，二是可以檢查多種病原微生物。

檢測項(xiàng)目 檢測樣本類型

沙門菌  回盲腸內(nèi)容物、糞便、肛拭子

支原體  氣管、肺、鼻咽拭子

鼠棒狀桿菌  鼻咽/口咽拭子、病灶分泌物、膿汁

泰澤病原體  糞便、肝

嗜肺巴斯德桿菌  氣管、鼻咽/口咽拭子、病灶組織、膿汁、糞便

肺炎克雷伯桿菌  回盲腸內(nèi)容物、病灶組織

綠膿桿菌  回盲腸內(nèi)容物、糞便、病灶組織

念珠狀鏈桿菌  鼻咽/口咽拭子、病灶分泌物、膿汁

金黃色葡萄球菌  回盲腸內(nèi)容物、病灶組織/分泌物

肺炎鏈球菌  鼻咽/口咽拭子、病灶組織/分泌物

乙型溶血性鏈球菌  呼吸道/病灶分泌物、膿汁

嚙齒檸檬酸桿菌  回盲腸內(nèi)容物

肺孢子菌屬  氣管、肺、口咽拭子

牛棒狀桿菌  皮膚拭子、皮屑/痂皮、皮膚、糞便

小鼠肝炎病毒  盲腸內(nèi)容物、糞便、肝

仙臺病毒  口咽拭子、鼻拭子、肺、氣管

小鼠肺炎病毒  口腔拭子、氣管、肺

呼腸孤病毒Ⅲ型  盲腸內(nèi)容物、糞便、肝

小鼠細(xì)小病毒MVM株  盲腸內(nèi)容物、糞便、腎、脾、肝

漢坦病毒  糞便、肺、腎、脾

鼠痘病毒  盲腸內(nèi)容物、糞便、肝、脾

淋巴細(xì)胞脈絡(luò)叢腦膜炎病毒  糞便、腦

小鼠腦脊髓炎病毒  盲腸內(nèi)容物、糞便、肝、脾

多瘤病毒  盲腸內(nèi)容物、糞便、腎、脾

小鼠諾如病毒  盲腸內(nèi)容物、糞便

支氣管鮑特桿菌（敗血癥波氏桿菌）  鼻咽/口咽拭子、肺

大鼠細(xì)小病毒(KRV和H-1株)  盲腸內(nèi)容物、糞便、腎、脾、肝

大鼠冠狀病毒/涎淚腺炎病毒  口腔拭子、唾液腺

熒光定量PCR成為用于檢測病毒感染的常用的方法。不同的熒光標(biāo)記物也使得多重檢測成為可能，比如一個(gè)反應(yīng)體系內(nèi)可見檢測多重?zé)晒釬AM、HEX、ROX 熒光，每種熒光探針標(biāo)記1-3種病毒，從而可以實(shí)現(xiàn)一個(gè)孔中多種病毒的檢測。 翼和生物開發(fā)了多款試劑盒。聯(lián)檢試劑盒中一個(gè)熒光通道可以同時(shí)檢測 2-3 種病原體，但是不進(jìn)行具體病原的鑒定，也就是說一旦某個(gè)熒光通道有信號陽性，那么該熒光對應(yīng)的這 2-3 種病原體都有可能是陽性。鑒定試劑盒中一個(gè)熒光通道只鑒定一種病原，所以可以通過熒光信號直接判斷感染的具體病原體。聯(lián)檢試劑盒可以與鑒定試劑盒搭配使用。